Αυτό που πρέπει να γίνει κατανοητό είναι ότι δεν προκαλούν όλοι οι υπότυποι του HPV τις ίδιες βλάβες. Κάποιοι χαρακτηρίζονται ως χαμηλού κινδύνου ενώ κάποιοι άλλοι ως υψηλού, ανάλογα με το αν σχετίζονται με προκαρκινικές ή καρκινικές αλλοιώσεις. Όμως, μόλυνση με αυτόν το πολύ μικρό DNA- ιό δε σημαίνει πως κάποια γυναίκα θα αναπτύξει τελικά καρκίνο του τραχήλου.

Ορισμένες φορές, τα άτομα μπορεί να είναι απλά φορείς, δηλαδή δεν αναπτύσσουν καμία είδους αλλοίωση. Άλλοι αναπτύσσουν τα γνωστά σε όλους κονδυλώματα (καλοήθεις αλλοιώσεις με τη μορφή θηλωμάτων). Τέλος, και αυτή η κατηγορία χρειάζεται τη μεγαλύτερη προσοχή και φροντίδα, είναι εκείνοι που αναπτύσσουν κυτταρολογικές αλλοιώσεις (δυσπλασίες), oι oπoίες αν δεν αντιμετωπισθoύν εγκαίρως με το σωστό, βάσει κατευθυντήριων οδηγιών τρόπο, μπoρoύν να εξελιχθoύν σε καρκίνo, ιδιαίτερα στον τράχηλο της μήτρας και την ευρύτερη πρωκτογεννητική περιοχή.
Ενδεικτικά, από τα στελέχη που έχουν ταυτοποιηθεί, χαμηλού κινδύνου που ευθύνονται κυρίως για την ανάπτυξη κονδυλωμάτων είναι τα: 6, 11, 42, 43, 44
Υψηλού κινδύνου που συνδέονται με προκαρκινικές αλλοιώσεις είναι: 16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 56, 57.

Οι υψηλού κινδύνου τύποι του HPV έχουν ανιχνευθεί στο 99% των καρκίνων του τραχήλου. Ο υπότυπος HPV- 16 ευθύνεται για το 50% περίπου των καρκίνων του τραχήλου παγκοσμίως, και οι τύποι 16 και 18 μαζί αντιπροσωπεύουν περίπου το 70% των καρκίνων του τραχήλου. Λοίμωξη με υπότυπους του HPV υψηλού κινδύνου θεωρείται απαραίτητη για τη δημιουργία προκαρκινικών αλλοιώσεων και ως εκ τούτου καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Όμως, πρέπει να γίνει αντιληπτό πως η λοίμωξη αυτή από μόνη της δεν είναι αρκετή για να προκαλέσει καρκίνο, επειδή η συντριπτική πλειοψηφία των γυναικών που έχουν προσβληθεί από τον ιό δεν αναπτύσσουν καρκίνο.

Ο ιός μπορεί να προκαλέσει κονδυλώματα στα γεννητικά όργανα. Μπορεί να φανούν στο εξωτερικό ή στο εσωτερικό του κόλπου, πάνω στο πέος και να εξαπλωθεί στο γύρω δέρμα.

Τις περισσότερες φορές οι ασθενείς δεν γνωρίζουν πως έχουν προσβληθεί από τον ιό, παρά μόνο εάν το τεστ Παπ βγει παθολογικό, με κυτταρολογικές αλλοιώσεις ή οι ασθενείς εμφανίσουν κονδυλώματα.