Οι διαταραχές κύκλου μπορεί να οφείλονται σε πολλούς παράγοντες. Φυσιολογικά, στην έναρξη κάθε εμμηνορρυσιακού κύκλου, ένα ωοθυλάκιο το οποίο περιέχει ένα ωάριο, ξεκινά να ωριμάζει. Η ωρίμανση του ωοθυλακίου ολοκληρώνεται περίπου μέσα σε δύο εβδομάδες. Στη συνέχεια το ώριμο ωάριο, απελευθερώνεται και έτσι πραγματοποιείται η λεγόμενη ωοθυλακιορρηξία (ωορρηξία). Στην περίπτωση που το ωάριο δεν γονιμοποιηθεί, μετά από 12 με 14 ημέρες θα εμφανιστεί η έμμηνος ρύση. Με τον τρόπο αυτό, ολοκληρώνεται ένας εμμηνορρυσιακός κύκλος 28 περίπου ημερών.

Αν μία γυναίκα παρουσιάζει διαταραχές κύκλου, αυτό αυτόματα υποδηλώνει μία όχι απόλυτα φυσιολογική  ωορρηξία. Τα προβλήματα ωοθυλακιορρηξίας ( ωορρηξίας), συνήθως οφείλονται σε δύο βασικά αίτια.

Εάν οι διαταραχές του κύκλου προκύπτουν από την έλλειψη ωοθυλακίων, τότε η αποτυχία των ωοθηκών να ανταποκριθούν, θα οδηγήσει σε αυξημένη έκκριση ωοθυλακιοτρόπου ορμόνης (FSH) από την υπόφυση. Αυξημένα επίπεδα της ορμόνης FSH, τις περισσότερες φορές, υποδεικνύουν μειωμένο ωοθηκικό απόθεμα. Εάν η έμμηνος ρύση σταματήσει να εμφανίζεται και δεν συντρέχουν άλλοι λόγοι υγείας, τότε η γυναίκα εμφανίζει πρόωρη ωοθηκική ανεπάρκεια (POF). Στις περισσότερες περιπτώσεις, ένα επίπεδο FSH άνω των 15 IU / L είναι απόδειξη ενός μειωμένου ωοθηκικού αποθέματος. Τα επίπεδα της FSH άνω των 30 IU / L συνήθως σημαίνουν POF.

Ωστόσο, αν μια γυναίκα έχει ένα κανονικό αριθμό ωοθυλακίων, αλλά συνεχίζει να έχει ακανόνιστους κύκλους, τότε το πρόβλημα, πιθανόν, να βρίσκεται αλλού. Φυσιολογικά, ο υποθάλαμος, ο οποίος είναι υπεύθυνος για τη διατήρηση των επιπέδων των ορμονών, στέλνει το σήμα στην υπόφυση για να παράγει FSH. Όμως, στην περίπτωση δυσκολίας στην αλληλεπίδραση μεταξύ εγκεφάλου και ωοθηκών, η λειτουργία της ορμόνης (FSH), που διεγείρει την ανάπτυξη των ωοθυλακίων, διαταράσσεται . Η συχνότερη αιτία αυτής της διαταραχής, σε σχέση με άλλες ορμονικές ανισορροπίες είναι το σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών.